Hm, das klingt nach nem Timing-Problem.
Die Stepper-Lib. scheint auf nen anständiges Timing angewiesen zu sein (nutzt ja keinen echten Timer), wenn du da ewig mit der seriellen Schnittstelle herummährst, klappt das nicht.
Stell mal die Baudrate auf nen anständigen Wert rauf, die 9600er bremst so ziemlich allen Kram aus.