Buchse:
Wenn du schon in Richtung "mini" USB gehst, nimm direkt micro usb.
Auch die smd pins lassen sich mitm Lötkolben noch Löten.
Die Hauptverbesserung von mini nach Micro (handy etc) war die massiv erhöhte Anzahl an Steckzyklen = Haltbarkeit,
und eine Strombelastbarkeit bis 1A der Pins.

Einfacher:
Wenn du mitm Lötkolben nicht so versiert bist,
kannst du auch einfach n 50cent USB kabel abzwicken und den Stecker mit 3cm Kabel dran ans Board löten.
Dann muss du vom PC ein standard Verlängerungskabel (Stecker-Buchse) nehmen.

Ich mach heute mittag mal nen Schaltplan.
Wenn du am USB Port die Diode vorsiehst und mit den 4,9V klarkommst
(sollte kein Problem sein, viele 5V Regler haben eh um 4,9 oder auch mal 5,1V),
kann man von -vor- der Diode (Richtung USB 5,2V), einen FET ansteuern, der dir die 9V Batterie abschaltet.

Du solltest sowieso einen Schalter direkt hinter der 9V Batterie vorsehen, vor dem Regler,
da die Regler auch im Standby ohne Last Strom ziehen, und die meisten einfachen (ohne shutdown/standby pin)
nicht wenige mA selbst verbrauchen.

Ein 9V Block ist von der Effizienz+Preis etwas mau... Die Dinger haben zwar viel Spannung aber kaum mAh, da gestapelte Knopfzellen.
Von JA kostet der 9V-Block 89cent (REWE), das 4er Mignon (oder Micro) Set 99 cent, beide mit deutlich mehr mAh.

Wenn du eh eine Sockelplatte für den LED Cube baust damit der nicht umkippt,
bau doch dort einen 4 fach microzellen oder mignonzellen halter ein, am besten mit Schalter.

Das gibt dir 6V bei "neuen" Batterien. Dann nimmst du einen Low Drop Spannungsregler (reichelt: LM2940 oder LF 50 CV)
und hast bis 5,1V von den "leeren" Batterien stabil deine 5V.

Frage => Wieviel Strom soll denn der Cube maximal / im Schnitt ziehen ?
Beim USB Port kannst du mit einem Y-Adapter arbeiten, wie ihn viele externe Festplatten (entgegen der Norm) verwenden,
damit kommst du dann auf 200-300mA, je nachdem wieviel 2 Ports ohne System-Treiber hergeben.

edit:
Mit dem FET nach dem 9V Block kann man den (Leistungs) Hauptschalter gleich mitmachen,
du brauchst dann nur noch einen kaum strombelasteten microschalter irgendwo.