Meine Empfehlung zu den Maßeinheiten, abgeleitet von meiner EAGLE-Praxis:
Nimm als Arbeits-Maßeinheit diejenige, die default eingestellt ist. bei mir ist das Zoll im Bauteileditor, im Platinenlayout und auch im Schaltplaneditor. Es ist doch völlig Wumpe, in welcher Einheit du zeichnest.
Lediglich die Gehäusedarstellung mache ich im (Milli-)Meter-Maßstab, weil mir das eingängiger ist. Das ist auch reines Schmuckwerk zum Layout und hat keinen Bezug zum ursprünglichen Problem.