Normalerweise lade ich das File mit nem Script.
Wenn ich das so öffne, wie du sagst, dann hab ich aber genau das gleiche Problem.

Also wenn ich dich richtig verstehe, dann sollte Ponyprog die Umwandlung ins binäre Format selber machen?

Was mir auch noch auffällt:
Bei allen anderen Projekten sind die .hex-Files kleiner (ca. um den Faktor 3), als die .elf-Files. Nur bei diesem Projekt nicht, deshalb denke ich schon das es an AVRStudio liegt.