Der Atmega hat einen 16 Bit Timer/Counter mit PWM. Den müsstest du aber wohl mit Registern ansteuern, wenn die Library keine 16 Bit unterstützt.
Damit könntest du 65k Abstufungen erreichen, das wären dann fas 1100 Stufen zwischen 11,8 und 12 Volt.

Allerdings müsstest du, um das richtig zu machen, jeden Motor einzeln ansteuern. Zumindest glaube ich nicht, dass es wirklich was bringt, die Motoren einach parallel an die gleiche Spannung zu hängen.
Hast du irgendeine Positionserkennung der Radstellungen? Drehgeber oder sowas?