Hallo Bodo!
... Ich Stelle den fertigen Code nochmal rein. Ich habe jetzt auch die Erläuterungen von Valen verstanden und ..
Code, auch Teile davon, werden wesentlich leserlicher wenn Du den Code in ein Codefenster schreibst. Im Codefenster sind nämlich Einrückungen und Tabs deutlich(er) zu erkennen. Ich habe mal zur Demonstration nur Deinen Text von oben in ein Codefenster kopiert . . .
Code:
//Kran der Calypso ansteuern
//1 Stepper und 1 DC Motor

#include <Stepper.h>
#include "TimerOne.h"

#define LED 7                              //WarnLED Kran in Bewegung
int S1 = 4;                                  //Starttaster von RC-Fernbedienung
int S2 = 6;                                  //Endschalter Kran in Ruheposition

boolean Kranstart = false;                 //Kran Zustand- Variable

int SPMU1 = 32;
int RELAISAUF = 2;                         //Seil aufrollen
int RELAISAB  = 3;                         //Seil abrollen

 
Stepper myStepper1(SPMU1,10,11,12,13);     //Kran drehen  

void setup() {
{
  pinMode(LED, OUTPUT);
  Timer1.initialize(200000);         // initialize timer1, and set a 1/2 second period
  Timer1.attachInterrupt(callback);  // attaches callback() as a timer overflow interrupt
  Timer1.pwm(9, 512);                // setup pwm on pin 9, 50% duty cycle
  } 
   pinMode(S1,INPUT_PULLUP);            // RC-Fernbedienung Eingang mit Pull-up
   pinMode(S2,INPUT_PULLUP);            // Taster Eingang mit Pull-up, in Ruheposition
   
   pinMode(RELAISAUF,OUTPUT);         // Relais für Seil AUF
   pinMode(RELAISAB,OUTPUT);          // Relais für Seil AB
   
   myStepper1.setSpeed(400);          // Steppermotor Kran drehen
    
   Serial.begin(9600);
}
void callback(){
  {
  // Die LED blinkt unabhängig vom Programmcode in loop()
  digitalWrite(LED, digitalRead(LED) ^ 1); // EXOR invertiert 
  }
  
}
void loop() {
  
Kranstart = (digitalRead(S1)==HIGH) && (digitalRead(S2)==HIGH);   //Kran fertig zum Start, wenn S1 HIGH ist UND S2 HIGH ist.  


  
  Serial.print("Channell 1:");
  Serial.println (digitalRead(S1));
  
  Serial.print ("Channell 2:");
  Serial.println(digitalRead(S2));
  
  Serial.print ("Channell 3:");
  Serial.println(Kranstart);
  
  delay(500); 
  
if (Kranstart == true){
  
  digitalWrite(RELAISAUF,HIGH);               // Seil auf Start            
  delay(2600);
  digitalWrite (RELAISAUF, LOW);              // Seil auf Stop
  delay(2000);
  
  myStepper1.step(-3600);                     // Kran ausdrehen (Winkel einstellen)
  delay(2000);                               
  
  digitalWrite (RELAISAB, HIGH);              // Seil ab Start
  delay(13000);                              
  digitalWrite (RELAISAB, LOW);               // Seil ab Stop
  
  delay(20000);                                    // Tauchtasse im Wasser (20sec)
  
  digitalWrite (RELAISAUF, HIGH);             // Seil auf Start             
  delay(13000);
  digitalWrite (RELAISAUF, LOW);              // Seil auf Stop
  delay(2000);
  
  
  myStepper1.step(3600);                      // Kran eindrehen
  delay(3000);
  
  digitalWrite (RELAISAB, HIGH);              // Seil ab Start
  delay(2600);
  digitalWrite (RELAISAB, LOW);               // Seil ab Stop
  delay(5000);
  }
  
  else if (digitalRead(S2)==LOW){             // Kran nicht fertig zum Start
  
  digitalWrite(RELAISAUF,HIGH);               // Seil auf Start
  delay(2600);
  digitalWrite(RELAISAUF,LOW);                // Seil auf Stop
  delay(1000);
  
  myStepper1.step(50);                       // Kran drehen bis S2 HIGH
  delay(1000);
  
  digitalWrite(RELAISAB,HIGH);               // Seil ab Start
  delay(2600);
  digitalWrite(RELAISAB,LOW);                // Seil ab Stop
  delay(1000);
  
  //digitalRead(S2==HIGH);
  
  if(digitalRead(S2)==HIGH && digitalRead(S1)==LOW)
  {
 while((S1)==LOW); }                    // Warten bis zum neuen Programmstart
 }  
}
Dazu wird beim Antworten (evtl. auf [Erweitert] drücken - rechts unten der mittlere Button) auf den Hashbutton (das # rechts oben) gedrückt. Es werden zwei Tags aufgemacht [.CODE.][./CODE.] , zwischen diesen kannst Du den Code einfügen. Alternativ die Einfügung markieren (linke Maustaste und mit Cursor-drüberfahren den betreffenden Text überstreichen) und DANACH sofort auf den #-Button.

Weiter viel Erfolg in Deinem Trockendock - und auf dem Wasser.