Laut Dattenblatt Seite 262 soll die Versorgungsspannung für einen MEGA8L zwischen 2,7 und 5,5 V liegen also bist Du da scharf an der Grenze.
Den Jumper würde ich auf jedem Fall raushalten, ich habe noch nie bei einem AVR ausprobiert, welche Spannung er verträgt, bevor er anfängt zu rauchen.
Wie hast Du die 6,14 V gemessen? Ist das die Leerlaufspannung, oder doch belastet ?

Gruß Sebastian