Schau dir mal die Beispiele an, die WinAVR mitbringt, dort im Verzeichnis examples. Auf anderen Systemen sollte das Makefile auch funktionieren. Falls du make willst, musst du das noch installieren.
Für den Anfang kannst du natürlich auch von Kommandozeile aus Compilieren/Linken. Die Optionen für GCC sind die gleichen wie unter Windows.