Hi,
das Programm für den Controller kommt in den Flash Speicher.
Du hast also beim Mega 32 32Kb zur Verfügung.
Das eeprom kannst du komplett für eigene Sachen nutzen.

Die IO ports sind die Anschlüsse des Controllers und können als Eingang oder Ausgang oder mit Spezialfunktionen konfiguriert werden.
Spezialfunktionen sind zB. Analogeingänge , serielle Schnittstellen, interrupteingänge, Analogkomperatoren, usw.

Gruß
Christopher