Das der zweite M32 erstmal nur für Testzwecke ist hab ich mir schon fast gedacht

nein, nicht nur einen M32, sondern gleich 'ne ganze RN-Control ...
Na, du musst es ja Dicke haben

Die Massen der beiden RN-Controls müssen auf jeden Fall verbunden werden. Das hast du richtig erkannt.
Und dann wird einfach ein Ausgang und ein Eingang verbunden.
Ein Widerstand dazwischen ist eigentlich nicht nötig, da die Eingänge hochohmig sind. Aber 1kOhm schadet der Funktion auch nicht.

Am Eingang (Bordcomputer) musst du nur den Pullup aktivieren. Pulldowm gibt es bei AVRs meiner Meinung auch nicht.
So ist der Eingang immer auf High, bis er vom anderen M32 (Simulator) auf Masse gezogen wird.
Da am Ausgang brauchst du auch keinen externen Pullup- oder Pulldownwiderstand. Der M32 hat genug 'Kraft' um den Eingang am Boradcomputer auf Masse zu ziehen.

Ok, wenn du auch Bascom nimmst und DEBOUNCE kennst sollte es dann mit nem Rad keine Probleme geben. Und 20 Impulse pro Sekunde sind locker möglich. Das würde der M32 ja sogar noch mit 1MHz intern schaffen (die Genauigkeit ist dann ne andere Sache).

Also einfach die Massen der beiden RNs verbinden (wird ja wahrscheinlich der Fall sein weil du bestimmt nur eine Spannungsversorgung hast) und den Ausgang am Simulator direkt an den Eingang des Bordcomputers, wo der Pullup aktiviert ist.