Zu 3. Am besten den internen Pullup aktivieren und dann den Schalter gegen Masse schalten lassen.

Zu 2. Da haben meine Vorredner wirklich Recht. Im Beispiel 6 ab Seite 43 in der Doku steht das alles drin. Das Programm laden und dan wie beschrieben die Eingänge auf Masse legen und es sollte was passieren.

Zu 1. Ich denke mal Spannungsversorgung der Sensoren wenn angeschlossen. Hab ich aber in der Doku auf anhieb nicht gleich gefunden.

Du solltest sie dir mal von Anfang bis Ende einmal durchlesen und dann von vorne anfangen sie durchzuarbeiten.

Die PCF sind I2C-Bausteine. I2C ist ein Bus. Der AVR selbst hat nur eine gewisse Anzahl von Eingängen. Einige davon werden schon als Ausgang gebraucht. Irgendwann sind keine Pins mehr als Eingang frei. Dafür wurde die Porterweiterung mit den PCF eingebaut.
Je nachdem welcher Pin geschlossen wird, wird ein Byte an den AVR gesendet, das man dann auslesen kann. (Siehe Programm 6)
Was als Ergebnis gesendet wird, siehst du in der Doku zu Programm 6 auch. Am besten mal so aufbauen und schauen was passiert.

Auf den ersten Blick finde ich die Doku nicht unübersichtlich. Sie erschlägt ein nur mit vielen Informationen, die man als Anfänger zuerst noch nicht zuordnen kann. Deshalb sollte man mit kleinen Schritten anfangen und nicht alles auf einmal ausprobieren.

Wenn du alle Beispiele von Anfang bis Ende durcharbeitest wird dir danach vieles schon einleuchtender erscheinen.

Wenn du dann noch Fragen hast kannst du ja mal die Suche benutzen. Vieles wurde bestimmt schonmal gefragt. (aber leider nicht alles beantwortet)

Wichtig ist es aber das du wirklich von Vorne anfängst das durchzuarbeiten. Niemand hat Lust jemanden alles zu erklären, der nicht bereit ist auch selbst was zu lernen.

Solltest du allerdings allgemein was nicht verstehen, dann frag ruhig! Es würde dir nix bringen wenn du z.B. nicht wissen würdest was Masse ist und so niemals ein Programm zum laufen bringst.
Wer kein Verständniss dafür hat das du Grunglegends nicht verstehst hat selbst schuld. Allerdings sollte zu erkennen sein, das du selbst dich schon bemüht hast.

Ich hoffe dir wenigstens im Ansatz geholfen zu haben. Wenn nicht, fragen...