Das UART löst auch einen eigenen Interrupt aus, wenn ein neues Bit vorliegt(in der ISR kannst du den Wert dann in 'ne globale Variable schreiben, die in der ISR für die Motorsteuerung verwendet wird.).
Zu RCOs Vorschlag: Verstehe ich das richtig, dass der AVR über das UART die Motordaten EMPFANGEN soll(und dann den Motor entsprechend steuert)?