Hmmm... Spontan fällt mir Folgendes ein:

FueseBits Richtig Gesetzt? --> Externer Quarz o.ä. --> DatenblattMega32! Aber VORSICHT beim ändern, siehe in irgendeinem Tutorial...
Prescaler des Timers Richtig gesetzt? Das kann bei jedem Prozessor andest sein --> Datenblatt Mega32!
Timer-Mode Richtig gesetzt? Nicht Normal-Mode sondern bei Auslösen des Interrupts wieder bei Null Starten (CTC???) -- Datenblatt!
Timer Vergleichswet entsprechend Prescaler gesetzt ???