Mein erster Gedanke war ja 1MHz bei 16MHz ist verdammt eng, wenn nebenbei noch andere Sachen erledigt werden müssen.
Deshalb Takt extern erzeugen. Aber spätestens nach einigen Stunden oder Tagen sind die Takte (SID und AVR) nicht mehr synchron denke ich...

Warum dann nicht ein € mehr investivieren und ein Quarzoszillator verwenden?
Die 16MHz für den AVR und dann nochmal die gleichen 16MHz durch 16 geteilt und den SID takten. Das wird immer synchron laufen.