Ja genau, clear up heißt, dass, wenn der Zähler den enstsprechenden Wert erreicht, der Pin 1 gesetzt wird und wenn der Timer/PWM wieder von vorne beginnt, dann löscht (0 setzt.) (clear down das GEgenteil)
Wenn du das alles etwas genauer und detaillierter wissen willst, solltest du dir mal das Datenblatt deines AVRs durchlesen, jedenfalls den Teil Timer und PWM. Ich war nachher um einiges schlauer und kann es nur empfehlen.