Nachtrag:

Ich war wohl etwas zu schnell mit dem Abschicken...

Die Sourcen sind die selben, das meinte ich. Allerdings stellt es kein Problem dar, aus eben diesen die AVR Variante in einem getrennten Verzeichnis zu bauen.
Vielleicht gibt es mittlerweile sogar was passendes in portage? Such doch einfach mal.
Seit ich mich vor einiger Zeit durch eine Stage1 Installation gequält habe ist mein Interesse an gentoo etwas verblasst - obwohl ich viel gelernt habe dabei.