Von der Beschaltung her musst du dem ATMega eine Referenzspannung geben und dann deine zu messende Spannung an einen der 8 AD-Pins von Port A anlegen.
Die Referenzspannung darf maximal so gross wie die Eingangspannung sein, die zu messende Spannung darf maximal so gross wie die Referenzspannung sein.

Die komplette Grundschaltung findest du z.B. hier:
http://www.kreatives-chaos.com/index.php?seite=avrgrund
Ist zwar ein ATMega8 aber die entsprechenden Pins aus dem Datenblatt des ATMega16 rauszusuchen sollte auch ohne englisch klappen


Zur Programmierung in AVR Studio kann ich dir nichts sagen.
Kannst es ja mal mit Bascom Basic versuchen. Ist wesentlich einfacher als Assembler und wie man einen AD-Eingang einliest ist in der Online-Hilfe anhand von Beispielcodes erklärt.