Ja das ist ein üblicher ISP-Dongel. Mit dem können auch fast alle anderen Atmel Board´s programmiert werden, die meisten halten sich an die gleiche Steckerbelegung.

Der Dongel wird ja an Druckerport angeschlossen. Die 9 polige Buchse die du meinst ist ja der RS232 Port. Der RS232 Port bleibt natürlich frei und kann beliebig genutzt werden. Allerdings ist es manchmal auch recht nützlich beim programmieren die RS232 mit dem Controllerboard zu verbinden um Meldungen und Daten über ein Terminalprogramm anzeigen zu lassen. Aber das eine hat mit dem anderen nix zu tun.