Das ist doch auf dem PC mit jedem Programm so.
Die haben alle eine Möglichkeit, sie zu beenden (und wenn nicht, dann gibts dafür nen guten Grund, nämlich den, dass sie gar nicht beendet werden sollen).

Auch bei Arduino ist das grundsätzlich nicht anders- die Programme laufen entweder ewig, oder bis durch irgendeine Bedingung abgebrochen wird.
Zum testen könntest du einfach ne Zeitschleife einbauen, dass nach ner Minute Schluss ist oder so.
Wenn du ein Arduino-Programm einfach abbrichst (was allerdings kaum möglich sein dürfte, weil der bei allem und jedem nen Reset macht), dann bleiben die Pins auch in dem Zustand, den sie eben hatten, es sei denn, du sorgst dafür, dass sie das eben nicht tun.