Das, was Du mit dem zweiten Akku vorschlägst, wird nach meiner Vorstellung nicht funktionieren. Dazu müsste ich Leiterbahnen auftrennen, um den einen Mikrokontroller in der Versorgung von den übrigen zu trennen. Deswegen verstehe ich das auch nicht richtig, wie Du das beschrieben hast.

Da die Störungen von den A4988 kommen, müssten die dort auch entfernt werden, direkt an den Treiberbausteinen. Die Versorgungsspannung für die Motoren ist bereits mit einem 100µF-Elko versehen. Ob da ein LOW-ESR-Elko was ändern würde, weiß ich nicht. Es ist völlig unklar, an welchen Pins des Treibers die Störungen einfließen, wo will man da mit der Entstörung anfangen und mit was für Bauteilen?

Das Störsignal ist so klein, dass es nur einen AD-Wandler beeinflusst, der auf 0,0xV stabil messen sollte. Einen DC/DC-Wandler habe ich schon ausgespart, aus solchen Gründen, dort wäre das Störsignal womöglich noch viel stärker. Hätte ich Messschwankungen um 0.5V oder gar mehr, dann würde ich das allse vielleicht nochmal überdenken und eine neue Platine entwerfen. Aber dann sicher nicht mit zig Filter-Ideen, die am Ende die Störung vielleicht weiter unterdrücken, aber nicht vollständig beseitigen.

Da ich mit dem Ergebnis arbeiten kann, würde ich das jetzt einfach mal so belassen wollen.