wie gesagt, fang erst mal an: learning by doing!
Als ADCs verwende ich ADS12215 (mehrere mit verschiedenen arrd regs.

Was time und interrupts angeht:
wie gesagt, es geht, 1ms ist no problem. Und wenn du etwas mehr Erfahrung hast, wirst du auf Dinge stoßen, die beim Pi auch noch völlig anders gehen und von denen du bei AVRs noch nicht einmal träumen konntest.

Aber das später, wenn du etwas weiter bist. Ich empfehle dazu meinen Quick Guide sowie einige C-Tutorials aus den weiteren Literaturhinweisen.