Du hast natürlich Recht - in diesem Fall kann nichts passieren - man/ich sollte aber "Narrensicher" entwickeln, könnte ja mal in andere Hände gelangen.
Mittlerweile halte ich die Lösung mit der Ein/Ausgangs-Umschaltung für praxisfern.

Vielleicht ist eine andere Variante mit dem "Stummschalten" durch volatile-Variablen sinnvoll.
Bsp:
Im main(), sequneziell PA4 und/oder PA5; Variable "PA4freischalt=1;", "PA5freischalt=1;"
Innerhalb des ISR (Timer) oder dessen Funktionsaufruf; if (PA4freischalt == 1) {} // Eingangsimpuls wird weiter verarbeitet