Mein PC "muckt" gerade. Er wird wohl gleich abstürzen....

Leider kenne ich mich weder super mit deinem µC noch mit dem Programm aus. Aber ich habe etwas herumgestöbert (kann leider nicht weiter (s.o.)):

Beim ISP wird eine Steuerleitung genutzt, um das PSEN-Signal auf dem µC zu kontrollieren (so scheint es zumindest gemäß der Doku von Flip zu sein, Stichwort: AutoISP). PSEN steuert zwischen Programmier- und normalem Modus. Deshalb musst du auch die hierzu benutzte Steuerleitungen anschließen. Hier liegt der Trick. Der PP muss so konfiguriert werden, dass dies ein Output ist. Hier müsstest du dir jetzt einmal deine Schaltung und die FLIP-Doku und deine aktuelle FLIP-Konfiguration einmal genau ansehen.

Unabhängig von allem solltest du das Handshaking abschalten. Die Signale werden dann immer noch per BT mit übertragen, liegen auch an den Pins an, werden aber vom PP nicht mehr zur Flusssteuerung verwandt. Auch fürs ISP wird kein Handshake benötigt (s. µC-Datenblatt). Damit hast hieraus resultierende mögliche störende Einflüße auf die Datenübertragung ausgeschaltet.