es geht um Raspi code, nicht um Arduino-Code!
SerialAvailable() aus der wiringPi lib arbeitet nicht zuverlässig, um solche Fehler eindeutig zu lokalisieren, und auch timeouts tun es nicht, das habe ich schon mit diversen Tests (aus dem Raspi C++ Unterforum) herausgefunden. und wenn Raspi und Arduino im Robot verbaut sind und der Robot herumfährt und folglich der direkten Beobachtung entzogen ist, kann man den Grund für eine Verbindungsunterbrechung nicht unbedingt erkennen.
Es geht hier mit dem Beenden und Neustart eines Threads also lediglich um den automatisierten Versuch des autonomen Programms, den momentanen Fehler (z.B. kein Thread-heartbeat mehr) mit Bordmitteln selber zu händeln.
Einer davon soll sein:
den hängenden Thread stoppen (schrittweise: erst pthread_exit(), wenn erfolglos: pthread_kill(), dann das Serial file zu schließen, Variablen zu resetten, und dann das Serial file neu zu öffnen und den Thread neu zu starten.

Erfahrungsgemäß treten solche Fehler ab und an nicht nur bei UART sondern auch bei I2C auf, auch dafür soll eine solche Notfallmaßnahme implementiert werden.