Nein, die $crystal brauch der Compiler um z.B. wait 1 zu berechnen, also für die interne Kalkulation. Nur die Fuses ändern auch tatsächlich die Taktfrequenz des Controllers.
Der LPT-Programmer funktioniert auf höherer Taktung, andersherum ists doofer. Wenn Du z.B. mit nem schnellen Programmer flashen willst MKII z.B., dann kann es sein das der für nen AVR im Aulieferungszustand bei 1MHz zu schnell ist.

Hatte vor Jahren mal rund 200 Boards zu flashen und dafür den MKII benutzt, hab mir dann n Script geschrieben, das den Programmer erst langsam stellte, dann die Fuses auf extern 16MHz, dann den schnellen Gang im ISP und erst dann das Hexfile.
Hätte sonst ewig gedauert.