ein AVR ist ein kleines ic das man z.b. an den handehled über die serielle schnittstellte hängen kann, und der AVR kann dann machen was immer du willst, z.b. leds blinken lassen oder auch den Schrittmotor ansteueren.
Was er tun muss sagst du ihm dann halt über den PDA über ein serielles Kabel.
Wenn du noch nie mit AVRS gearbeitet hast, empfehle ich dir irgend Tutorial geht ganz leicht die ganze Geschichte!