Könntest du ungenau mal genauer spezifizieren. Habe deinen Code jetzt nicht gelesen. Aber prinzipiell: Wenn du einen Wert im EEPROM speicherst und nicht total viel Pech hast und dir kosmische Strahlung ein Bit kippen lässt, dann wirst du diesen Wert auch wieder auslesen.

Dein Problem könnte eventuell daran liegen, dass du die Frequenz als int ausliest, die EEPROM library aber nur bytes erwartet.
EEPROM.read() gibt aufjedenfall nur einzelne Bytes zurück.