Mit dem Hochladen des Programmes hat das Debugen eigentlich wenig zu tun. Es gibt verschiedene Arten, wie bei Microcontrollern debuggt wird. Richtig professionell z.B. mit Boards mit einem Hardwaredebugger Anschluss (meistens JTAG, bei ARM Boards auch CMSIS DAP). Manche Entwicklungsboards unterstützen auch USB-Debugging.
Manche Boards, die mit ARMs Einsteigerplattform mbed arbeiten, lassen sich über USB debuggen. (C++ Anwendungen, erstellt mit mbed CLI, Python kommt da nur als Tool auf dem PC zum Einsatz.)
https://os.mbed.com/
Arduinos lassen sich seriell debuggen, das macht z.B. die Arduino Erweiterung für Visual Studio so. Dazu wird allerdings das Programm modifiziert, das auf den Controller geladen wird.
https://www.visualmicro.com/
Der Arduino Zero unterstützt wohl auch USB-Debugging, mit welchem Tool kann ich nicht sagen.
Sowohl Arduinos als auch mbeds kann man auch mit Platformio programmieren und wohl auch debuggen.
https://platformio.org/
Das Debuggen habe ich aus Zeitmangel noch nie probiert. Platformio ist selbst auch in Python geschrieben, programmiert wird da auf den Controllern aber C++.
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