Grundsätzlich darauf achten dass man Boards gleicher Spannung verwendet und mit mindestens gemeinsamer Masse verbindet, besser auch mit der gleichen Versorgung

zu 3. kann man einfach einen Widerstand dazwischen hängen. Klein genug damit evtl. verwndete PullUp oder PullDown auch sauber bedient werden und groß genug damit im Falle eines direkten Kurzschluss nicht mehr Strom fließt als die Pins/Port verkraften können. ein 5k bei 5V oder ein 3.3k bei 3.3V und man ist mit 1mA Kurzschlusstrom absolut sicher, solange die Pull UP/DOWN nicht zu klein sind, ansonsten einfach mal in das Datenblatt der Controller schauen was sie verkraften und den R etwas kleiner wählen.

Bei Analog fehlt mir die Erfahrung aber es gibt wohl auch je nach Einstellung Eingänge die einem zu viel Spannung übel nehmen.

Es gibt auch Controller die 5V tolerant sind und mit 5V Pegel trotz 3.3V Versorgung angesprochen werden können ohne schaden zu nehmen.

Bei RX/TX würde ich wie bei GPIO einfach einen Widerstand dazwischen hängen für maximale Sicherheit