Klingt so, als ob ein übervorsichtiger Programmierer am Ende eines Fahrbefehls die Richtungsleitung auf einen festen Pegel setzt und zusätzlich die falsche Taktflanke zur Umschaltung nutzt.

Wie ist das jetzt bei Dir? Steuert der Arduino die Stepperendstufen an? Wer hat den programmiert? Hast Du Zugriff auf die Quellen?

Aus Deinem Link auf die Endstufen werde ich auch nicht ganz klug (kein Datenblatt?). Jeweils +/- für EN/DIR,.. kann heißen:
- Da sitzt nen Optokoppler als Schutz am Eingang
- Die Minuseingänge sind optionale Anschlussmöglichkeiten mit Signalinvertern

Kannst Du mal schauen, was davon wie bei Dir verdrahtet ist?

Wenn's nen Inverter ist, kann man das Taktsignal vielleicht an den Minuseingang anschließen.
Bei nem Optokoppler würde man die Logik drehen, indem man den Plus auf Logikspannung und den Minus auf das Taktsignal schaltet (oder eben Masse auf Minuseingang und Takt auf Plus).