Es kommt darauf an was Du für anforderungen an die Digital IO's stellst.
Mit I2C Portexpandern kannst Du Dir eine richtig große Menge an Digital IO's zulegen.
Im Gegemsatz zu den internen, wären die aber nicht IRQ (pin change interrupt) fähig.
https://playground.arduino.cc/Code/I2CPortExpander8574
Solange Du die "Spezialfunktionen" nicht benötigst und auch keine Libraries verwendest, die Pins einer Spezialfunktion zuordnen, kannst Du alle 69 digital IO's nutzen.
Näheres steht wie so oft im Datenblatt (ATMega 2560).
http://ww1.microchip.com/downloads/e..._datasheet.pdf
Wenn man die Ports nutzt (geht mit Arduino IDE auch) stehen µC seitig sogar alle Ports zur Verfügung
(Port A-L, wobei Port G nur 6 Pins hat)
Also 86 Digital IOs (von denen aber halt nur 69 rausgeführt sind).
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