Die Frage ist nun vor allem, ob diese Steuerelektronik eine zusätzliche Freilaufdiode überflüssig macht, oder ich diese dennoch verbauen sollte?
Diese Frage sollte sich mit dem Datenblatt des Lüfters klären lassen.

Ausserdem sollte der Controller keine höhere Spannung als die Betriebsspannung ( 5V ) an seinen Ports zugemutet werden.
Eventuell wäre auch ein Widerstand zwischen dem Controller Ausgang und dem Lüfter Eingang sinnvoll.

Ich würde schon eine Abschaltung des Lüfters vorsehen, aber eher auf der +V Seite, als da einfach die Masse abzuschalten.
Das ist zwar geringfügig aufwändiger, aber der Controller wird es eher überleben.

Man kann solche Sachen auf dem Layout vorsehen und wenn man feststellt das man sie nicht braucht relativ einfach überbrücken.
Nachträglich da Bauteile hinzuzufügen ist wesentlich schwerer.