Eine serielle Schnittstelle ist doch eben grade wesentlich einfacher als USB Kommunikation direkt. Einfach mit der Standard Seriell Library von Java aufmachen -> Daten reinschmeißen. Mit dem FTDI musst du aber natürlich auf richtige Baudrate usw. achten weil du zwischen FTDI und Enddevice eine richtige serielle Kommunikation machst. Im Endeffekt ist es aber immer noch einfacher als auf dem PC selber USB sprechen zu wollen.

Alternative:
Wenn du deinen virtuellen Comport direkt auf dem Mikrocontroller implementieren würdest, könntest du auch auf Sachen wie richtige Baudrate usw. verzichten, da direkt via USB übertragen wird und das nur in das klassische Interface gekapselt wird.