Wie wäre es denn, entweder Motoren mit zum Akku passender Betriebsspannung zu wählen oder umgekehrt? Für 5 V bieten sich statt Lithium vielleicht eher 4 Zellen NiMh an.
Wenn doch LiPo, dann halt mit 7,4 Volt alles betreiben, was viel Strom braucht (Motoren), und für die geringen Ströme der Elektronik kann man dann einen Spannungsregler verwenden.
Motoren sind eigentlich nicht sehr wählerisch bezüglich Spannung, ein 5V-Motor läuft auch mit 7 oder 10 Volt, sogar schneller und stärker, nur vielleicht nicht so lange, aber ich glaube Lebensdauer ist bei eurer Anwendung kein Thema.