Wenn Du einen Timer verwendest, der 2 Comparematch Register hat, sollte das funktionieren.
Der OCR1A generiert die 50kHz mit fest eingestellter Pulsweite.
OCR1B kann dann frei eingestellt werden.
Mit Timer 2 geht es leider nicht, weil der nur eine Comparematch Einheit hat.
Alternativ könnte man mit Timer 0 eine zweite PWM generieren.
Wie generierst Du den die 50kHz? - Ich meine mit welchem PWM Mode?

50kHz Softwaremässig zu generieren wird meiner Meinung nach schwierig, da dabei zwischen 2 Interrupts nur 320 Takte bleiben.