Nein eine weitere Variable brauchst du nicht.

Mit der Funktion pthread_cancel wird der Thread am nächsten cancel point unterbrochen. Ein cancel point ist entweder eine Systemfunktion oder du kannst explizit an Stellen in deiner PID Routine ein cancel point mit pthread_testcancel einbauen. Vorzugsweise vor einer Zeitintensiven Aktion. Ich hatte diese Funktion gestern Abend schon an den Anfang in der do{}while()-Schleife gepackt (Wie sieht der Code der aktuellen Version deiner PID Kalkulation aus?).

Zum join: diese Funktion dient der synchronisation zwischen aufrufenden Thread und dem Thread dessen id du beim Aufruf angibst. Sprich der Aufrufende wartet solange bis der andere zu Ende ist, diese Funktion blockiert also ggf. In deinem letzten Beispiel eine Seite vorher kannst du dir
Code:
    while(_TASKS_ACTIVE_) { delay(1); }
sparen. Der main Thread blockiert am ersten join bis sich die Threads beenden.

Was für mich jetzt zum Verständnis hilfreich wäre: Wo entscheidest du was gemacht werden soll? Und in welchem Thread läuft das dann ab? Wie sieht grob dieser Teil des Programms aus?