.. Das Schul-Bord ist ein 16 MhZ-Atmel-MC, unser Aufbau ein 644p-MC ..
Pingelig: Das Schulboard ist ein 16 MhZ-Atmel-MC .. Hmmmmmm, aber was für einer ? Da wär ne Angabe wie zu Deinem Aufbau ".. ein 644p .." ganz gut. Wobei Du uns zu Deinem Aufbau leider weder nen Schaltplan noch sonstige Informationen wie z.B. Quarz xx zukommen lässt.

.. fällt auf, dass Schaltungen die auf dem Schulbord problemlos laufen, auf dem Testbord sehr langsam takten,
.. wird ein Quarz benötigt etc? ..
WENN Du die Geschwindigkeiten der beiden Boards miteinander vergleichen möchtest sollten - im Idealfall - der Testaufbau den gleichen Controller besitzen wie das Schulboard und den gleichen Quarz und die gleichen Fuses und und. Es sollten beide Schaltungen eben gleich sein (soweit sie funktionell benutzt werden), aber Controller und Quarz gleich zu halten ist schon ein eher wesentlicher Fall. Das würde auch die softwareseitige Gleichheit wirklich perfekt machen - und damit viel Mühe sparen als wenn Du z.B. zwei verschiedene Controller nimmst. Und BMS nennt ja schon ein ganz typisches Anfängerproblem: die fabrikfrischen Atmelcontroller werden mit gesetztem CKDIV8-Bit ausgeliefert ==> der Controller tickt a) mit internem Oszillator, der 8 MHz macht, ABER b) wird dieser Takt für den Controllerablauf durch acht dividiert.