Arduino Studio von Arduino.org ist mir auch sehr fremd, ich verwende nur die IDE von arduino.cc.
Trotzdem empfiehlt es sich bei einer von beiden zu bleiben, wenn man die Arduino-Boards mit den speziellen Arduino-Libs benutzen will, auch die implizit eingelinkten, denn die unterscheiden sich von denen der "normalen" AVR-gcc/gpp-Welt und sind zu diesen häufig inkompatibel. ARDUINO-Sketche "sind" nicht C , sie "benutzen" C, wie einmal ein Arduino-Entwickler formuliert hat. Außerdem haben sie den ganzen Java-Wiring-Processing-Wrapper, der für die automatisch "richtige" Konfiguration etc. sorgt.
Ich bin mir vo daher nicht sicher, ob du - auch als Entwickler - mit Eclipse wirklich schneller zum Ziel kommst.
Zu deinen anderen Fragen kann ich persönlich leider nichts sagen, ich benutze bzw. kenne nur die von mir vorgeschlagenen Konfigurationen, immerhin funktionieren sie für mich, und auch ich bin ja nur Anfänger und Laie.
Aber dennoch - oder deshalb - viel Erfolg bei deinen Experimenten und Projekten!