für den Programmiercode auf jeden Fall egal,
nur was die Treiber für die USB-Schnittstelle oder USB-zu-Serial-Konverter für den Anschluss an den PC und den Upload über die IDE angeht, gibt es teilweise Unterschiede.
Die Original Arduinos haben meist einen U16 USB-Chip, da läuft alles automatisch, manche Chinaklone haben einen ch340 Chip, für den musst du gesondert Treiber installieren.



ps,
sehe gerade: der pro Mini hat ja gar keine USB-Buchse, da brauchst du eh ein FTDI Kabel.