Hm- und aus der Sache kommste da nicht ohne weiteres raus, oder?
Total uuuuumständlich.
Aber wenn es um weiter nix geht: schreib das Duino-Programm so, dass du meinetwegen im EEPROM die passenden Zuordnungen liegen hast.
Die kannst du dann leicht bei jedem "umprogrammieren per Java-Programm" (ich kringel mich grad so bisschen wegen dieser Umständlichkeit, sorry ), überschreiben.
Das dürfte nicht allzu schwer sein.
EEPROM hält 100 000 Schreibzugriffe garantiert aus, wenn du willst, kannst du nen Ringspeicher anlegen, dann geht das praktisch "endlos".
Beim eigentlichen Spiel werden dann einfach die Daten ausm EEPROM geladen.
Brauchst hat ein Protokoll, was du arduinomässig verstehen kannst. Beispielsweise sendest du zuerst eine Art Kennung (wie in Midi, die CC-Bytes oder so), damit der Arduino weiss, da kommt jetzt was rein. Genau darauf wartet der Arduino beim einschalten einfach nen paar Sekunden (wie es der Ardu-Bootlader auch tut).
Danach einfach nen paar Variablen, und die schreibt er brav ins EEPROM.
Dann neu starten (ohne PC) und ab dafür.

Und wenn du mit diesem Test dann durch bist, lös das vernünftiger...
Hast du nicht nen Micro oder sowas, der kompatibel zum Leonardo ist? Die lassen können sich doch ohnehin als HID ausgeben, da dürft das nicht schwer sein.