Hm...ohne Bild von deinem Aufbau und genauer Kenntnis der Leitungsführung wird das schwierig.

Verdrahte den ganzen Kram mal so, daß sich die Ströme für deine Steuerung und den Motor so wenig wie möglich dieselbe Leitung teilen müssen. Also z.B. KEIN gemeinsamer Rückleiter, deine Batterie und dein Netzteil lediglich am negativen Pol miteinander verbinden. Die Entstörkondensatoren so anbringen, daß die Beinchen möglichst kurz bleiben.