Was bedeutet deutlich weniger Spannung als 5V? Hast du das nachgemessen? Vielleicht benötigst du keinen Transistor. Und beim messen kein Multimeter sondern ein Oszilloskop verwenden.

Beim Timer darfst du nichts ändern, sonst funktioniert der Timer Interrupt und die PWM Funktion nicht richtig. Du liest nur den aktuellen Zählerstand aus. Du musst nur bedenken das es einen Überlauf geben kann. Bei einem Überlauf musst du die Berechnung etwas anpassen.

MfG Hannes