Manchmal sieht man den Wald vor lauter Bäumen nicht:
Du hast in der ISR nicht berücksichtigt, dass der Transistor das Signal invertiert! So wie die ISR jetzt ist, misst sie die Dauer des High-Impulses, und der ist mit seinen ca. 12ms so lang, dass der Timer mehrfach überläuft. Da kann also nix gutes bei rauskommen