Ich bin nun etwas weiter gekommen und zwar mit Hilfe dieses Links:
https://hackaday.io/project/9313/logs
Den AVR Dude konnte ich patchen. Programmieren lässt sich der ATMEGA328PB nun schon mal ohne Fehlermeldung.

Die AVR - LIBC hab ich noch nicht zum laufen gebracht. AVR-GCC sagt immer noch, das der Controller nicht bekannt ist.
main.c:1: error: MCU 'atmega328pb' supported for assembler only
In file included from main.c:2:
c:/winavr-20100110/lib/gcc/../../avr/include/avr/io.h:406:6: warning: #warning "device type not defined"
In der io.h ist der Controller aber eingetragen.

Die libatmega328pb.a , die iom328pb.h sowie die crtatmega328pb.o von ATMEL hab ich auch schon mal in die entsprechenden Ordner kopiert.
Irgendwie muss ich AVR-GCC noch mitteilen wo die Dateien sind. Dann sollte es IMHO gehen.