meine Meinung und Erfahrung (ich habe 2 Megas und 2 Dues):
1) nein, kein Nachteil: zumindest keinesfalls für Einsteiger
2) ja: höchstens die 100% Bezugsgröße für analoge Sensoren oder Potis ist halt verschieden und wird dann nach Dreisatz anders berechnet.
3) Original Arduino Motorshield hat nur 5V, soweit ich weiß - aber es gibt andere Platinen, die funktionieren mit beiden Signal-Levels (habe ich selber)
4) die meisten ja (z.B. PID_v1 oder UTFT u.a.m.), ansonsten gibt es alternative (z.B. Timer-Lib für Mega und DueTimer-lib für Due u.a.m.)
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