Schön zu hören das Dir geholfen werden konnte, ob es an was einzelnem lag oder oder in der Summe aller Störeinflüsse wird sich vermutlich nicht mehr feststellen lassen.
Lange Leitungen sind wenn kein Gleichstrom fließt (Wechselstrom, PWM etc) halt sowohl Induktivitäten wie auch Kapazitäten (und Antennen).
Und unbekannte/tote Schaltungsteile könne ungeahnte Überraschungen bergen.
Also zukünftig, was nicht gebraucht wird ablöten/trennen, Kondensatoren die zur Entstörung von Bauteilen gehören dicht an die Bauteile ran mit möglichst kurzen Anschlüssen.
Lieber einen Entstör-,Stütz-, Siebkondensator mehr als einen zu wenig (Wenn es erst mal geht kann man immer noch optimieren)
Wo es geht kurze Leitungen, wo es nicht geht auf Dämpfung, Rauschen, Nebensprechen achten.

Wenn Du parallel mit der Mechanik des 6-Achs Knickarm weitermachen willst, Wenn die Maschinenausstattung nicht so berauschend ist, versuchen so zu konstruieren, das man z.B. nur mit Bohren, Reiben, Sägen auskommt. Eine Tischbohrmaschine mit einem Kreuztisch und Kantentaster lassen da schon sehr präzise Teile zu die auch größer als der Verfahrweg des Tischs sein können. Ein Plan- und Ausdrehkopf für den Morsekegle der Pinole lassen dann auch größere und sehr genaue Bohrungen z.B. für Lager zu.
Ein Vierbackenfutter mit einzeln verstellbaren Backen das auf den Kreuztisch passt erlaubt dann mit einem Ausdrehkopf auch einfache Drehoperationen ohne Drehbank.
Es ist bei Alu halt schon ziemlich langsam, und bei Stahl ist man im 0,01mm Bereich bei der Zustellung und der Vorschub darf auch nur gemächlich sein, aber es ist möglich.
Ich habe meine eigene 5-Gang Tischbohrmaschine mit einer Phasenanschnitt Steuerung für die Drehzahl nachgerüstet und habe den Tiefenanschalg umgebaut.
Kunststoffplatte an der Pinole gegen Stahlplatte getauscht und Gewindestange des Tiefenanschlag gegen Feingewindestange. So kann ich mit 2 gekonterten Muttern und 0,01mm Langhub Messuhr (100mm) die Z-Achse auf 0,02mm Einstellen.
Von der Lagerung der Pinole her, sollte man eigentlich nur Bohroperationen ausführen, aber mit minimaler Zustellung und sehr langsamen Vorschub kann man da brauchbare Teile mit Passungen herstellen.
Um nicht tagelang zu kurbeln, habe ich damals das Kemo LPT Motorinterface und 2 Stepper interface Module geholt. Programm war in Turbopascal.