Anscheinend musst selber einen Bootloader raufspielen, dann kann man über USB (virtueller COM am PC) das Programm rauspielen. Den Bootloader selbst kann man nur über ISP programmieren (auf Bootloader Fuses aufpassen).

Nach jedem Reset startet kurz der Bootloader, wartet ob etwas am UART kommt, wenn nicht startet das normale Programm. Damit man ein neues Programm raufkommt wartet man bis ein bestimmtes Steuerzeichen im UART ankommt, löst einen Reset aus, und schon lädt der Bootloader das Programm hoch.

Ich verwende den chip45boot, gibt es nur als fertige Hexfiles je nach UART, dazu gibt es eine GUI für Windows. Das kommt mit dem großem Speicher vom Mega2560 zurecht. Andere Bootloader funktionierten bei mir nicht.

LG!