Ich versuch das mit dem Studio 7 und meinem AVR ISP MKII jetzt nochmal auf nem anderen Rechner und wenns klappt, kann ich ja ne Runde mit den Fuses spielen Bild  
Danke jedenfalls schonmal für den Hinweis.
Wenn AVRISP MKII und Studio laufen, kann ich ja von nem kompletten Arduino Mega2560-Board die Fuses etc. auslesen und für den blanken AtMega2560 übernehmen.
Ich finds nur komisch, dass ich auf dem Arduino-Board lediglich einen 12Mhz-Kristall sehe. Im Schaltplan für den Arduino Mega ist aber ein 16Mhz-Kristall eingezeichnet.
Interessant finde ich auch, dass in einigen Plänen noch ein 1MOhm-Widerstand zwischen Xtal1/2 verschaltet ist, in anderen nicht. Beide Möglichkeiten haben mich bisher nicht zum Ziel geführt.