Ich hatte sowas ähnliches in meinen AVR-Programmen: Alle Module funktionierten im Einzeltest fehlerfrei, nach dem Flashen des Gesamtprogramms (in Assembler aus AVR-Studio 4.18 mit MKII) stürzte es aber aus unerfindlichen Gründen ab. Per Zufall habe ich dann gemerkt, dass die Stabilität des Programms von der Reihenfolge der .includes abhing, mit denen ich die Module einband. Das Gesamtprogramm funktionierte fehlerfrei, wenn ich das TWI-Modul als letztes einband.
Spiel' doch mal mit der Reihenfolge der includes. Fände es schade, wenn Dein soweit fortgeschrittenes Projekt noch scheitern sollte.
Ciao, mare_crisium