Wahrscheinlich gibt es da Probleme mit den Binärdaten der Bibliotheken. Die C++ Compiler auf (oder für) die Cortex-A Prozessoren sind ja meistens für das armhf- (Hardfloat) oder armel-Format. Die Cortex-M Entwicklungsumgebungen verwenden ja normalerweise den gcc-arm-none-eabi.

Es würde schon gehen, wenn man das komplette Compilerpaket installiert. Unter Windows kriegt das oben verlinkte Python Script das ja hin. Es lädt Compiler (für AVR und ARM-none), Bibliotheken (Arduino oder mbed) und diverse Tools (wie Avrdude, bossac usw.) herunter und installiert sie. Man kann Arduino Sketche und mbed-Programme auf der Kommandozeile erstellen und auf die Controller übertragen.

Ich hätte ja erwartet, dass ein Python-Script unter Linux besser läuft. Auch wird da ja mit Rasperry Pi und Beaglebone geworben. Unter Debian werden Programme für den Due ja auch übersetzt. Nur dann kommt der Linker nicht weiter. Unter Arch Linux auf dem Raspi 2 gibt es noch mehr Probleme, weil Python 3 da ja der Standard ist. Man kriegt es zwar mit Python 2 installiert, aber bei der Aufführung kommen dann doch wieder Syntaxfehler. Bin halt nicht so der Python Experte. Aber im Prinzip steht alles in dem Skript, was Du wissen musst.